Pestone er et friskt og ekte produkt, det er ikke varmebehandlet og inneholder ikke konserveringsmidler eller fargestoffer. Den må derfor oppbevares i kjøleskapet og konsumeres innen 60 dager fra produksjonsdatoen. Når glasset er åpnet, må produktet konsumeres i sin helhet innen 3-4 dager.
Tilsetning av et tynt lag ekstra virgin olivenolje på overflaten av pestoen som er igjen i den åpne krukken, forbedrer bevaringen.
Pestone kan fryses. I dette tilfellet, etter tining, må produktet konsumeres i sin helhet og rester må ikke fryses på nytt.